Obiekt leży w północno-wschodniej części Polski w województwie podlaskim. Od północy graniczy z gminą Puńsk, od zachodu z gminą Krasnopol, od południa z gminą Giby, granicę wschodnią tworzy granica z Litwą. Znajduje się w dorzeczu Niemna. Pod względem ukształtowania terenu jest to obszar pagórkowaty z 26 jeziorami o czystych wodach, siecią strumieni i małych rzek. ZARUBY leżą niemal na końcu świata, a już na pewno na końcu Polski. Oddalone są zaledwie o 5 km od granicy polsko-litewskiej, przy drodze nr 16 z Augustowa do Olity (zabytkowe litewskie miasteczko, położone nad Niemnem). Po drodze do Sejn zostawia się na zachodzie Wigierski Park Narodowy, przebija się przez dzicz Puszczy Augustowskiej, by dotrzeć do urokliwego miasteczka o ponad 450-letniej historii. Dalej, we wsi Berżniki, znajduje się cmentarz wojenny z lat 1914-1918; pochowanych jest tam 153 żołnierzy niemieckich i 358 żołnierzy rosyjskich. Znajduje się tu również zabytkowy XIX-wieczny kościół parafialny. Na terenie gminy odnajdziemy też żeremia bobra europejskiego oraz rzadkie gatunki fauny i flory.